月に数件程度の申請を行う事業所では、費用対効果を考えれば、専用のソフトが必要となる「一括申請」「外部連携ＡＰＩ」の導入はお勧めできません。e-Govでの電子申請で十分だと思います。
算定基礎などの社会保険の定例的な届などもe-Govにて行うことも可能です。
ただし、すでに給与ソフトなど導入してるシステムが「外部連携ＡＰＩ」に対応した場合には、給与ソフト等からの電子申請をお勧めします。
導入済みの給与ソフトでの電子申請の場合には、保守料の若干のアップはあるかもしれませんが、安価に電子申請への対応ができると思います。
残念ながら、平成29年7月時点では、弥生給与や給与奉行などは外部連携ＡＰＩには対応していません。
自社で使用している給与ソフトが「外部連携ＡＰＩ」に対応する時期がいつか！ 販売会社に確認してみてください。
「一括申請」は、今後は、「外部連携ＡＰＩ」に吸収される予定です。
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今後の電子申請の主流となるシステムです。
すでに別のページでもお話ししていますが、外部連携APIに対応したソフト（労務管理ソフト、給与ソフト）を導入する必要があります。
しかし、操作性、マイナンバーも含めたデータの安全性、賃金情報も含めた従業員情報の一元管理を考えれば、外部連携APIに対応したソフトでの電子申請が必須となるのではと考えます。
ただし、事業所の規模・仕事内容等を考慮したうえで、電子申請としてどのパターンをを選択するか、検討してください。
外部連携API対応ソフトウェア・サービス一覧 （e-GovのHPに掲示されている情報です。）
＜http://www.e-gov.go.jp/help/shinsei/api_software/index.html＞
同一法人であれば、本社が支社・支店・工場の届を本社で一括して電子申請を行うことは、何ら問題はありません。
しがしながら、グループ会社の手続きを、特定のグループ会社で行うことは、電子申請でも紙でも、法的には「×」です。法令順守に反することになります。
すっきりした対応策の一案としては、グループ会社の一つに事業所専用の「社会保険労務士事務所」を加えてみては、と思います（社労士からの宣伝です）。
電子証明書も社会保険労務士のものを使うことができますので、法人の電子証明書を確保する必要はありません。
従業員に社会保険労務士の有資格者がおられる場合には、開業手続きをしたうえで、事務員は現状の担当者を労務士事務所に出向（転籍）というやり方もあると思います。
給与計算のアウトソーシングも併せて可能と思います。